Eskişehir’de yaşayan Erhan Kübra, 2006 yılında evinden çıktıktan sonra bir daha geri dönmedi. Evinde olmaması üzerine ailesi kayıp başvurusunda bulundu. O dönem yapılan aramalardan sonuç alınamayınca Erhan Kübra, kayıp olarak arananlar listesine eklenmişti. Eskişehir Emniyet Müdürlüğü Asayiş Şubesi Cinayet Büro Amirliği ekipleri, şehirdeki kayıp ve faili meçhul cinayet dosyalarını incelemeye alarak özel bir ekip oluşturdu.
Polis ekipleri, çevre illerde yaptıkları incelemede, Kütahya’nın şehir merkezine yakın bir köyde Erhan Kübra’nın kaybolduğu dönemde kimliği tespit edilemeyen bir erkek cesedi bulunduğu ihbarını aldı. Cesedin başının ezildiği, göğüs kısmından kesici bir aletle defalarca yaralandığı, bir kısmının yakıldığı ve ellerinin kravatla bağlı olduğu ortaya çıktı.
Erkek cesedinin Erhan Kübra’ya ait olabileceği şüphesi üzerine özel ekip, olay yeri ve bölgedeki izleri ve DNA örneklerini Erhan Kübra’nın en yakın arkadaşı ve iş ortağı olan A.K. ile karşılaştırdı. Yapılan DNA incelemesinde izlerin eşleşmesiyle birlikte A.K. ve ona yardım ettiği öne sürülen Y.Ş., katil zanlıları olarak Kütahya’da yakalandı ve Eskişehir’e getirildi.
Eskişehir Emniyet Müdürlüğü Asayiş Şubesi’nde ifade veren 2 şüpheli suçlamayı kabul etmedi. A.K. ve Y.Ş., Erhan Kübra’nın en yakın arkadaşı ve iş ortağı olduklarını belirterek cinayetle bir ilgilerinin olmadığını savundu. Sağlık kontrolünden geçirilerek adliyeye sevk edilen A.K. ve Y.Ş., gazetecilerin sorularına cevap verirken, “Ben bir şey yapmadım ki, neden vicdan azabı çekeyim?” şeklinde karşılık verdiler.